Los suelos de nuestro territorio van perdiendo su salinidad de norte a sur, lo que unido al incremento de la humedad, los hace cada vez más aptos para el desarrollo de la flora y fauna naturales y, por consiguiente, también para la agricultura. Sin embargo, junto a estas condiciones favorables, hay otras como la irregularidad de las precipitaciones y el desarrollo de grandes extensiones de dunas. A pesar de estas circunstancias, la flora regional es variada y abundante, especialmente en la zona litoral. Algunas especies características son el espino, el mañil, el trevo y el guayacán, que tienen el aspecto de grandes arbustos y de árboles pequeños. Entre las plantas herbáceas están la chilca, la centella y el vinagrillo.
En la primavera, se desarrolla un fenómeno vegetal muy característico, cuando las planicies y montes se cubren de una variada y colorida vegetación herbácea, de poca duración, tales como el palo gordo, pasionaria, violeta cordillerana, manzanilla y tupas.
La abundante nubosidad costera que se mantiene permanentemente al sur de Coquimbo, ha permitido la existencia de agrupaciones forestales como el bosque de Fray Jorge, antiguamente más abundante y que como curiosidad botánica, está formado entre otros, por árboles abundantes en latitudes más australes como el olivillo y el canelo.La fauna litoral, está representada entre otros por el culpeo, el chungungo y el lobo de pelo; garumas, liles, petreles y muchas otras especies de aves, además de lagartos de diversos tamaños e insectos variados.
Al interior del territorio, dominio de los espinales, viven el culpeo, el gato montés, el quique, la chilla y roedores como el degú y la chinchilla, la lucha de los espinos y la yaca. Hay reptiles como culebras no venenosas, lagartos y gran variedad de insectos entre los que sobresalen mariposas y coleópteros. Entre las aves, chercanes, tordos, cernícalos y chunchos. Hay asnos que viven en estado salvaje en la precordillera andina. Gran parte de los espinales fueron intensamente explotados desde la llegada de los españoles, especialmente como combustible hogareño y de faenas mineras, lo que casi extinguió la vegetación natural de los alrededores de La Serena y Coquimbo.Hasta hoy es muy apetecida la algarrobilla cuyos frutos contienen ácido tánico, muy utilizado en curtiembres.
Aledaños a los embalses de Cogotí y Recoleta se encuentran bosques de sauce chileno, especie difícil de encontrar en igual número y densidad en la zona central.
Finalmente, en la Cordillera, entre los 2.000 y 4.000 m., la vegetación está compuesta de arbustos y plantas capaces de sobrevivir a los rigores de los fuertes cambios de temperatura. Hay especies arbustivas de gran tamaño como son el pichi y el monte negro. También abundan en las partes más altas las agrupaciones o champas de varias hierbas duras que en conjunto se conocen como coirón.
La fauna cordillerana, está compuesta por guanacos, chinchillas, gatos de monte, vizcachas y pequeños roedores. Entre las aves las hay de rapiña, de agua y gran abundancia de pajarillos.
En la cuarta regio encontramos el bosque hidrofilico en fray jorge donde encontramos un microclima comparable a los bosques de Valdiavia:
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